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當前位置:首頁 > 產品中心 > siTOOLs Biotech > riboPOOL > dp-K024-000031riboPOOL 核糖體RNA去除探針試劑盒

riboPOOL 核糖體RNA去除探針試劑盒

簡要描述:riboPOOL 核糖體RNA去除探針試劑盒(任意物種,植物通用,原核通用,ribo-seq)
核糖體RNAs(rRNA)約占RNA-Seq數據讀取量的90%,去除后可大大節省RNA-seq的測序成本。riboPOOL可以高效和特異性地去除rRNAs,適合大多種模式和非模式物種或RNA序列。

  • 產品型號:dp-K024-000031
  • 廠商性質:生產廠家
  • 更新時間:2022-12-22
  • 訪  問  量:668

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riboPOOL 核糖體RNA去除探針試劑盒


riboPOOL 靈活高效的去除核糖體RNA

核糖體RNAs(rRNA)約占RNA-Seq數據讀取量的90%,去除后可大大節省RNA-seq的測序成本。riboPOOL可以高效和特異性地去除rRNAs,適合大多種模式和非模式物種或RNA序列。


riboPOOL 的主要優勢

種類豐富:豐富的成品型目錄可供選擇,目錄持續更新中;目錄以外物種或RNA可以定制

工作流程快:一步法,完整工作流程僅用時70min

起始量范圍廣泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之間都有很好的去除效率

針對特殊應用定向優化:ibosome profiling樣本;環境轉錄組學(如土壤、污泥)

高效的去除:去除效率高,結果穩定可重復

搭配靈活:兼容各種RNA純化和RNA建庫方法

探針法:沒有酶切偏好,可以均一的覆蓋轉錄本;無打斷樣本風險;適用于無polyA結構的RNA(如snoRNA,LncRNA, 組蛋白)

兼容多種下游分析方法:如RNA-Seq、微陣列分析和實時定量PCR等

可混合使用:客戶可根據樣本的組成比例,混合使用2-4種riboPOOL,如病原體感染的人體組織(人源+原核通用型)、人血液樣本(人源+人血珠蛋白)、植物微生物群研究(植物通用型+原核通用型)


目錄 成品型 riboPOOLs

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riboPOOL 工作流程

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ribo POOL 有效起始量范圍(100ng-5ug)

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ribo POOL 可混合使用(復合型)

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測試樣本為(a)SW48 細胞 (人源), NIH3T3細胞 (小鼠)和DH10B株大腸桿菌RNA混合物。 實驗比較(b)單獨使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和(c)使用復合型riboPOOL(由1:1:1的人源、鼠 源、原核通用型riboPOOL混合構成),兩者均可有效去除1μg RNA混合樣本中的rRNA. rRNA的去除效率用生物分析儀,或rtqPCR分析評估(用rRNA或GAPDH(管家基因)特異性的引物進行實時定 量PCR )。


人源/小鼠/大鼠riboPOOLs

可去除細胞質rRNA (28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA)&線粒體rRNA

高質量RNA(RIN >7),rRNA去除效率可達97%-98%

降解RNA/FFPE(RIN<7),rRNA去除效率可達87%-98%

Ribo-Seq(30nt片段),優化不易去除區域探針密度,rRNA去除效率約75%

*不同實驗方案間有一定差異

riboPOOL的rRNA去除效率高約10%

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兩種試劑的可重復性相當

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原核通用型(細菌/古生菌)

覆蓋廣泛的原核生物(細菌/古生菌),適合微生物培養物、宏基因組、微生物組群分析

去除目標涵蓋 5S, 16S and 23S rRNA

原核通用型 riboPOOL設計依據

基于76個代表性物種的rRNAs 序列設 計的微生物通用型 riboPOOL,適合圖 中所示的類群(內圈,粗體)和亞群(外圈) 所涵蓋的細菌和古細菌。

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*如果您感興趣的物種不屬于這些類群或亞群,請咨詢我們的定制型riboPOOLs產品。

**譯注:暫無中文譯名


原核通用型 riboPOOL已驗證物種(RNA-Seq )

測試結果來自不同的實驗室,rRNA去除效率從~50-98%不等,在大多數物種中rRNA去除效率>70% 。去除效率可能因樣品類型和實驗條件的不同而不同。 高質量的RNA樣本中效率高。推薦的起始RNA投放量為100 ng-5 μg。


植物通用型(被子植物)

可去除細胞質(28S, 18S, 5.8S & 5S) 、質體和線粒體 rRNA

廣泛覆蓋開花植物

適合葉片、種子和根等各種組織部位


植物通用型 riboPOOL 可以覆蓋開花植物的主要門類

包括30 多個目(見下圖) 常見物種,如下:

水稻 · 麻瘋樹 · 大豆·土豆 · 棉花 · 咖啡·胡蘿卜 · 洋薊 · 橄欖·擬南芥 · 玉米 · 翠菊·小麥 · 蘋果 · 橙子·蕎麥 · 及其他

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*如果您感興趣的物種不屬于這些門類, 請咨詢我們的定制型 riboPOOL產品


植物通用型 riboPOOL的β測試結果

開花植物的去除效率大于91% 值得注意的是,在原始藻類綠藻中rRNA去除效率為80%,表明植物通用型riboPOOL可以應用于被 子植物以外的植物門類。

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riboPOOL 核糖體RNA去除探針試劑盒 產品屬性

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• 提供兩種產品形式,一種是探針型,另一種是完整試劑盒,兩種形式均提供試驗方案。

• 產品以凍干形式室溫運輸。

• 復溶后,在-20℃或以下的溫度,可穩定保存12個月。建議分裝儲存,避免多次凍融。


訂購信息

請說明訂購的物種名稱(見目錄 成品型),產品種類(探針/試劑盒/定制型),產品規格

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